Antibiyotik başladığımız zaman maalesef ki antibiyotikler öldürecekleri bakterinin hangisinin iyi huylu hangisinin hastalığa neden olan bakteri olduğuna karar veremiyor. Dolayısı ile hastalığa neden olan kötü huylu mikrobu öldürürken iyi huylu mikroplarımızı da öldürüyorlar. Dolayısı ile de vücut floramızı yani mikrobiyatımızı bozuyorlar.